...针对一些商业软件的应用培训、二次开发是否侵犯商业软件的版权...

1、从法条可以得知，软件的合法复制品所有人可以对该软件进行必要的修改。但很明显这种合法的二次开发行为，有两个约束条件，第一是该权利只属于该软件的合法复制品的所有人，第二是该二次开发行为只能针对该合法复制品进行。

2、关于开设培训办！用于教育的性质就可以不用缴纳专用权使用费。如果是用于商业性或者是牟利性的交易就必须支付版权使用费！关于你使用专利权开发出来的新的产品。